此時的西藏，政局動蕩。1701年（藏歷金蛇年），固始汗的曾孫拉藏汗繼承汗位，與第巴(即藏王)桑結嘉措的矛盾日益尖銳。1705年（藏歷木雞年），桑結嘉措買通汗府內侍，向拉藏汗飲食中下毒，被拉藏汗發覺，雙方爆發了戰爭，藏軍戰敗，桑結嘉措被處死。事變發生后，拉藏汗向康熙帝報告桑結嘉措“謀反”事件，并奏稱六世達賴倉央嘉措不守清規，是假達賴，請予“廢立”。康熙帝準奏，決定將倉央嘉措解送北京予以廢黜。火狗年(1706年)，倉央嘉措在押解途中，行至青海湖濱時去世，據《圣祖實錄》“拉藏送來假達賴喇嘛，行至西寧口外病故” ，時年24歲。

　　有的傳說，他是舍棄名位，決然遁去，周游蒙古、西藏、印度、尼泊爾等地，后來在阿拉善去世，終年64歲。